พิพิธภัณฑ์บ้านเขายี่สาร เกิดขึ้นเมื่อปี พ.ศ. ๒๕๓๙ จากความร่วมมือร่วมใจกันของชาวบ้านเขายี่สารเป็นเบื้องแรก โดยต่างช่วยกันเก็บรวบรวมโบราณวัตถุ , ศิลปวัตถุ จากวัดเขายี่สารและบริจาคสิ่งของต่างๆ เพื่อจัดแสดงให้ผู้ที่สนใจได้ชม ในครั้งนั้นมีพระภิกษุนักศึกษาจากคณะศึกษาศาสตร์ มหาวิทยาลัยศิลปากร รูปหนึ่งกำลังจัดทำโครงงานเสนออาจารย์ผู้สอนในรายวิชาที่กำลังศึกษาอยู่ จึงได้ใช้ข้อมูลเบื้องต้นเหล่านี้จัดนำเสนออาจารย์เป็นผลงานประกอบการศึกษาด้วย

เมื่อมีกิจสัญจรไปยังบริเวณป่าชายเลนตามวาระโอกาสต่างๆ ข้าพเจ้าสะดุดตากับไม้ยืนต้นขนาดกลางชนิดหนึ่ง มีเรือนยอดสูงเป็นพุ่ม ผลกลมขนาดลูกส้มโอ ขึ้นปะปนอยู่กับต้นโกงกาง แสม ลำพู ลำแพนฯลฯ สอบถามจากผู้รู้จึงได้ความว่า ต้นไม้ชนิดนี้คือ "ต้นตะบูน" หรือบ้างก็เรียกกันว่า "กระบูน"

พิพิธภัณฑ์ท้องถิ่นบ้านเขายี่สาร ตำบลยี่สาร อำเภออัมพวา จังหวัดสมุทรสงคราม โดยกลุ่มพัฒนาบ้านเขายี่สาร ได้เสนอโครงการเพื่อรับเงินสนับสนุนจากกองทุนชุมชน ธนาคารออมสิน โดยเสนอกิจกรรมที่จะดำเนินการทั้งสิ้น ๑๐ กิจกรรม ยอดเงินประมาณ ๕.๕ ล้านบาท ซึ่งคณะกรรมการในระดับจังหวัดและระดับภาคพิจารณาอนุมัติกิจกรรมให้ดำเนินการ ๔ กิจกรรมคือ

เมื่อวันศุกร์ที่ ๑๙ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๕๔๕ นับเป็นวันสำคัญอีกวันหนึ่งของชาวยี่สาร อำเภออัมพวา จังหวัดสมุทรสงคราม เนื่องในวโรกาสสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนิน ทรงเปิดพิพิธภัณฑ์บ้านเขายี่สาร ซึ่งก่อตั้งขึ้นมา ตั้งแต่ พ.ศ. ๒๕๓๙ อย่างเป็นทางการ

เสียงสวดมนต์ทำวัตรเย็นประสานแว่วมาจากศาลาการเปรียญวัดเขายี่สาร ในวันพระระหว่างเข้าพรรษา บรรยากาศขรึมๆ เย็นๆ แผ่ไปทั่วบริเวณ ไม่ต้องมีคำบรรยายใดๆ ถึงความรู้สึกศรัทธาในพระพุทธศาสนาของชาวบ้านที่นี่

บ้านเขายี่สารจังหวัดสมุทรสงคราม ตั้งอยู่ในบริเวณที่เรียกว่า " เขตทะเลตม " หรือทะเลที่มีลักษณะเป็นดินโคลนตะกอนซึ่งแม่น้ำได้พัดพามาทับถมกัน อุดมสมบูรณ์ไปด้วยสัตว์บก สัตว์น้ำ และพืชพันธุ์นานาชนิด

หลังจากกองทุนเพื่อการลงทุนทางสังคมสนับสนุนเงินทุนในการปรับปรุงอาคารและจัดแสดงนิทรรศการภายในพิพิธภัณฑ์ท้องถิ่นที่บ้านยี่สารก็สำเร็จเป็นรูปเป็นร่างชัดเจนมาตั้งแต่ปลายเดือนกรกฎาคมที่ผ่านมา การเตรียมเนื้อหาในการจัดแสดงเป็นหน้าที่ของมูลนิธิประไพ วิริยะพันธุ์ ใช้เวลาในการศึกษาข้อมูลนานกว่าสามปี

เป็นชื่อที่ใช้ในการเดินทางสู่บ้านเขายี่สาร อ. อัมพวา จ. สมุทรสงคราม ที่จัดโดย เครือซีเมนต์ ในโครงการ " ไทยรักษ์ไทย เพิ่มมุมมองใหม่...ให้สังคม " เมื่อวันที่ ๕ มิถุนายน ๒๕๔๒ นับว่าเป็นการท่องเที่ยวเชิงอนุรักษ์ที่เป็นการพักผ่อนได้สาระ โดยมีบรรดานักวิชาการ นักคิด นักเขียน สื่อมวลชน และเจ้าหน้าที่มูลนิธิประไพ วิริยะพันธุ์ ร่วมเดินทางไปด้วย

บ้านเขายี่สาร ตั้งอยู่ในเขตอำเภออัมพวา จังหวัดสมุทรสงคราม ในอดีตเป็นชุมชนที่อยู่นอกความสนใจของผู้คน แม้แต่ในจังหวัดสมุทรสงครามเอง อาจเป็นเพราะอยู่ห่างไกลจากชุมชนและตำแหน่งที่ตั้งค่อนข้างมาทางแนวเขตแดนรอยต่อกับจังหวัดเพชรบุรี รวมทั้งการคมนาคมที่ ความยากลำบากมากจึงทำให้บ้านเขายี่สารเป็นเพียงหมู่บ้านที่มีแต่คำเล่าลือเหมือนเป็นตำนานว่า " ยี่สารแห้งแล้ง กันดารน้ำ งูชุม ยุงชุม ฯลฯ " ความมีคุณค่าอื่นๆ ถูกมองผ่านไปโดยสิ้นเชิง แม้บ้านเขายี่สารจะเสมือนถูกทอดทิ้งจากโลกภายนอก แต่ผู้คนที่นี่กลับประคับประคองสังคมของตนให้อยู่รอดได้อย่างต่อเนื่องมาหลายยุคสมัยอย่างน่าประหลาดใจ สิ่งหนึ่งที่เชื่อว่าเป็นส่วนสำคัญที่ทำให้คนบ้านยี่สารอยู่กันมาได้ก็คือ การเอื้อเฟื้อเกื้อกูลซึ่งเป็นวัฒนธรรมอันดีงามของคนในชุมชนโบราณเล็กๆ แห่งนี้และสายใยแห่งประเพณีก็ได้ร้อยรัดสืบทอดกันมาอย่างไม่ขาดสาย

ระหว่างวันที่ ๑๐-๑๗ มกราคม ๒๕๔๑ มูลนิธิประไพ วิริยะพันธุ์ ได้เริ่มงานขั้นต้นในการจัดพิพิธภัณฑ์ท้องถิ่นที่ยี่สาร โดยจัด ทำทะเบียนโบราณวัตถุ ซึ่งแบ่งออกเป็นหลักฐานทางโบราณคดีและมานุษยวิทยา หลักฐานของท้องถิ่นที่น่าสนใจ ได้แก่ วัดเขายี่สาร ซึ่งตั้งอยู่บนภูเขาลูกโดดขนาดย่อมหน้าลำคลองบางตะบูนและคลองยี่สารในจังหวัดสมุทรสงคราม นักวิชาการได้สันนิษฐานในเบื้องต้นว่า วัดนี้สร้างขึ้นในสมัยอยุธยาตอนปลายสมัยพระเจ้าเสือ นอกจากนี้ยังมีตุ่มน้ำโบราณขนาดใหญ่ เครื่องถ้วยจีน ฯลฯ ส่วนหลักฐานทางด้านมานุษยวิทยา ได้แก่ เครื่องมือจับสัตว์น้ำ เรือ ตลอดจนเครื่องมือเครื่องใช้พื้นบ้านหลายประเภท