พระอุโบสถวัดเขายี่สารบูรณะใหม่ประดับลวดลายปูนปั้นด้วยฝีมือช่างเมืองเพชร
ภายในมีภาพจิตรกรรมฝีมือเดิมที่บานหน้าต่างเป็นรูปบุคคลในพงศาวดารจีน
วัดเขายี่สาร ถือเป็นศูนย์กลางทางความเชื่อและสถานที่ประกอบพิธีกรรมทางศาสนา ชาวบ้านจะมาพบปะและทำบุญร่วมกันในวันพระและงานประเพณีสำคัญในรอบปี เมื่อพิจารณาจากสภาพแวดล้อมและลักษณะทางกายภาพ วัดและชุมชนยี่สารในสมัยแรกเริ่มควรมีพื้นที่กิจกรรมต่างจากการใช้พื้นที่ในปัจจุบัน ที่ตั้งของหมู่บ้านและทางขึ้นเขาน่าจะอยู่บริเวณหลังวัดเนื่องจากเป็นจุดที่มีลำคลอง ๒ สายมาสบกัน มีศาลพ่อปู่ศรีราชาเดิมตั้งอยู่ ฝั่งคลองตรงข้ามมีศาลพ่อปู่หัวละมานและวัดน้อย ทั้งพื้นที่หน้าวัดในปัจจุบันยังเป็นที่สำหรับฌาปนกิจศพมาตั้งแต่สมัยโบราณ การเปลี่ยนแปลงพื้นที่น่าจะเกิดจากการเปลี่ยนแปลงความสำคัญของเส้นทางคมนาคม ในช่วงที่มีการขุดคลองลัดยี่สารไปออกบางตะบูนเมื่อราวต้นรัชกาลที่ ๕
หน้าบันพระอุโบสถซ่อมแซมครั้งล่าสุด โดยฝีมือของกลุ่มช่างสำรวย เอมโอษฐ์ แห่งเมืองเพชร
องค์ประกอบทางสถาปัตยกรรมของวัดเขายี่สาร ถือว่างดงามและเห็นได้ชัดว่ามีร่องรอยของศิลปะในสมัยอยุธยาอยู่มาก ศาสนาสถานบนเขายี่สารมีการวางตัวตามแนวยาวของภูเขาลดหลั่นกันอย่างมีระเบียบแวดล้อมไปด้วยต้นไม้ใหญ่ๆจำนวนมากและได้รับการวางผังเป็นอย่างดี ซึ่งน่าจะเป็นการวางแผนการใช้พื้นที่ในคราวเดียวกัน โดยถือเอาพระบาทสี่รอยในพระวิหารเป็นประธานของวัด
การทำบุญที่วัดของชาวบ้านยี่สารในอดีต ใช้พื้นที่บริเวณลานทำบุญซึ่งอยู่ในระดับระหว่างทางขึ้นไปสู่พระวิหารและทางเดินลงไปสู่โบสถ์เป็นที่ชุมนุม ลานทำบุญในอดีตเคยมีศาลาทรงไทยที่เป็นอาคารเปิดโล่ง ตั้งอยู่ ๓ หลัง สำหรับ ชาวบ้านใน ใช้ทางขึ้นและศาลาทางทิศตะวันตก ส่วน ชาวบ้านนอก ใช้ทางขึ้นและศาลาทางทิศเหนือ ตรงกลางมีแท่นเป็นแนวยาว ๓ แท่น สำหรับวางบาตรและสำรับกับข้าวของผู้มาทำบุญ
ศาลานั่งฉันหรือศาลาหอฉันอยู่บนไหล่เขายี่สาร ใช้เป็นสถานที่ทำบุญเลี้ยงพระ
ด้านหน้ามีแท่นยาวสำหรับวางสำรับคาวหวาน ปัจจุบันมีการใช้งานเป็นบางครั้ง
ปัจจุบัน ได้รื้อศาลาทำบุญของชาวบ้านนอกและชาวบ้านในออกไป จนเหลือเพียงศาลานั่งฉันหรือหอฉันหลังเดียว และยกเลิกการทำบุญบนเขาเพราะไม่มีเด็กวัดช่วยยกลำเลียงสิ่งของขึ้นลงเขาดังแต่ก่อน
บานประตูสลักไม้ที่วิหารศิลปะสมัยอยุธยาตอนปลาย ทำเป็นลายเส้นแบบตะแกรง มีลายสี่เหลี่ยมย่อมุมสิบสองอยู่ตรงกลาง
ศิลปสถาปัตยกรรมทางพุทธศาสนาที่ปรากฏในวัดเขายี่สาร แสดงถึงความร่ำรวยและการอุทิศทุนทรัพย์ของชาวยี่สารที่มีความศรัทธาและผูกพันต่อพุทธศาสนาอย่างลึกซึ้งในช่วงอยุธยาตอนปลายจนถึงต้นรัตนโกสินทร์ กรมศิลปากรได้ประกาศขึ้นทะเบียนโบราณสถานในราชกิจจานุเบกษาไว้แล้วเมื่อ วันที่ ๘ มีนาคม พ.ศ. ๒๔๗๘
ภาพจิตรกรรมเรื่องพุทธประวัติ
ภาพจิตรกรรมบนแผ่นไม้เรื่อง พุทธประวัติ เขียนขึ้นเมื่อราวสมัยปลายรัชกาลที่ ๕ ต่อเนื่องกับรัชกาลที่ ๖ แห่งกรุงรัตนโกสินทร์ เพราะในภาพลงศักราชไว้ว่าเป็น สก ๑๒๙ หรือ พ.ศ. ๒๔๕๔ อันเป็นปีแรกในรัชกาลพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัวฯ เขียนลงบนแผ่นไม้ประดับบนคอสองของศาลาพระปาลิไลยก์หลังเก่าที่อยู่ใกล้กับศาลาท่าน้ำหน้าวัด ก่อนจะถูกรื้อและชาวบ้านช่วยกันนำมาเก็บรักษาไว้ ในภาพเขียนเรื่อง พุทธประวัติ ตั้งแต่ประสูติจนถึงปรินิพพานที่สอดแทรกสภาพสังคม การแต่งกาย และวิถีชีวิตร่วมสมัย มีร่องรอยการเขียนซ่อมแซมภายหลังด้วยปรากฏชื่อผู้บริจาคทรัพย์ในการเขียนภาพจิตรกรรม สืบค้นได้ว่าเป็นบรรพบุรุษรุ่นปู่ย่าตายายของชาวยี่สารในปัจจุบันนี้ทั้งสิ้น